上海财经大学于2003年获得农业经济管理硕士学位授权，2006年获得林业经济管理硕士学位授权和农业经济管理博士学位授权，2012年入选上海市学位点引导布局与建设培育学科，并纳入学校“学科竞争力提升计划”。由于学校学科布局调整，并因应农业经济与管理经济学研究与教育的趋势，学校拟在应用经济学下设置农业经济学二级学科，并予以重点支持与建设。结合农业经济学科的内涵以及本校在该学科方面的特色优势，本学科将重视应用现代经济学理论分析农业经济领域问题，回应社会发展需求，重点培养学生的问题分析能力与研究能力，突出学生对方法的掌握与认知思维的拓展。目前本学科点将着力打造都市农业与食品经济学、农业经济理论与政策、农业资源与环境经济等各具特色的研究方向。
其中，都市农业与食品经济学学科方向主要侧重于研究发达地区农业发展及食品消费与安全问题。学科领头人吴方卫教授主持国家社会科学基金《我国发展液态生物质燃料的社会成本收益分析研究》及多项省部级课题，主要成果发表于《RENEWABLE ENERGY》、《Asia-Pacific Journal of Operational Research》、《管理科学学报》、《财经研究》等重要期刊，获多项省部级奖励，研究成果转化为国家社科基金《成果要报》，并多次获得省部级领导的批示。2013年，吴方卫教授为主要成员相关成果“国情教育与科研训练相结合的创新人才培养模式探索与实践——以千村调查为载体”被上海市教育委员会认定为上海市教学成果特等奖。骨干成员盖庆恩等也在学术界崭露头角，在《经济研究》、《管理世界》、《经济学（季刊）》等期刊发表文章多篇。